Comparación entre MetaCyc y KEGG

Traducción de fragmento de la tesis de Maestría, ,Harsha K. Rajasimha "PathMeld: A Methodology for the Unification of Metabolic Pathway Databases" presentada en Virginia Polytechnic Institute and State University en 2004, (pg 51)

1. MetaCyc soporta el estándar BioPAX - Biological Pathways Exchange.  KEGG desarrolló su propio estándar llamado KGML.

2. MetaCyc contiene comentarios extensivos acerca de enzimas y vías que en KEGG faltan.

3. MetaCyc cita fuentes de literatura primaria basados en dónde se obtuvieron las rutas y enzimas. KEGG no tiene citas de literatura.

4. Las vías de KEGG usualmente son mas grandes que sus contra-partes en MetaCyc. Esto es porue KEGG combina un número de vías relacionadas  de diferentes especies en un diagrama de una sola vía.
 MetaCyc super-pathways fungen con la misma función, permitiendo a los usuarios ver las interconexiones entre múltiples vías. 

5. MetaCyc contiene diversas variantes de rutas observadas en diferentes especies. KEGG no registra explícitamente esas variantes en las vías.

6. KEGG no contiene información acerca de las que vías se observan en que especies.  Sin embargo, KEGG permite a los usuarios ver fácilmente, para una vía dada, que pasos enzimáticos en esa vía se predicen de aparecer en vario genomas secuenciados, lo que Metacyc no permite.  MetaCyc marca individualmente las vías con información considerando las especias en las que su presencia ha sido experimentalmente determinada.

7. MetaCyc contiene información acerca de las propiedades de las enzimas para especies especificas, como composición de subunidaes, especificidad de substrato, requerimiento de cofactores, activadores e inhibidores.  KEGG no contiene nada de la información anterior.

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